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办理食品经营许可证有如下步骤：1、取得个体工商户营业执照。办理健康证和知识培训合格证，一般可以去医院或者当地防疫站办，带上营业执照副本、公章和身份证去。去医院体检后，一般2-3个工作日健康证和知识培训合格证就可以出来了。
2、准备食品经营许可证申请表，可以向当地市场监督管理局咨询地址。
3、准备法人身份证复印件、从业人员身份证复印件和健康证。然后制定食品安全管理制度（一般当地市场监督管理局都有模板）。
4、绘制店铺的平面图。提交缴纳税费单据证明，证实你所使用的水是自来水公司提供的。
5、把这些资料全部准备好后，去当地市场监督管理局提交（有的地方在政务大厅就可以办理）。
6、资料提交成功之后，市场监督管理局会安排人员来看场地。一般要求为：进货渠道方有相应的合规资质，店内卫生、使用原料和消毒柜要符合标准。
7、检查合规之后一般15-20个工作日食品经营许可证就出来了，很多地方都会打电话通知去领取。